尽管元朝吸收了许多汉族文化，并大力宣扬朱熹一派的理论，但卻实行了严格的民族等级制度，第一等是蒙古人；第二等是「色目人」，包括原西夏人、畏兀儿人和来到中国的中亚、东欧人；第三等是「汉人」，包括原金统治区的汉族和契丹、女真等族人；第四等是「南人」，包括原南宋统治区的汉族和其他族人。這種民族壓迫招致汉族的不满，许多汉族人将元朝视为外来政权，并发动多次起义。

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明清時期
 
紫禁城太和殿主條目：明朝、清朝

1368年，抗元起義成功，明朝建立。明朝前期建都南京，1405年曾幫助明成祖篡位的太監郑和奉命七次下西洋，曾经到达印度洋、东南亚及非洲等地，但后来明朝逐渐走向闭关。1421年，明朝迁都北京。明朝文化上则出现了王陽明、李贽等思想家，以及《三国演义》、《水浒传》、《西游记》和《金瓶梅》等长篇小说。由於明朝末年皇帝荒淫無道加上宦官亂政，1627年，明末农民大起义爆发，1644年，起义首领李自成攻克北京，明思宗自縊，明朝滅亡。南方大臣先後擁護福王朱由崧（弘光）、唐王朱聿鍵（隆武）、桂王朱由榔（永曆）為帝，史稱南明，最終因實力不足及政治內鬥，仍為當時強盛的清朝所滅。

明朝晚期，居住在东北地区的满族开始兴盛起来，终于在1644年李自成攻克北京后不久，驱逐李自成，进入北京，建立了可媲美漢唐的強盛朝代——清朝，当时明朝旧臣郑成功南撤到台湾岛，并驱逐了那里的荷兰殖民者，但是后来又被強大的清朝軍隊攻下。清朝在之后的半个世纪还成功地征服了许多原本不屬於中國領土的地区，例如新疆、西藏、蒙古以及台湾。康熙年间，清廷还与沙俄在黑龙江地区发生战争，最终于1689年签订停战条约——《中俄尼布楚条约》，清廷获得重大胜利，使清朝國土佔領大片俄羅斯領土！。清朝由于取消了几千年漢人政治下迂腐的人头税，导致人口增加，到19世纪已达当时世界总人口的三分之一，人口的增多促进当时农业的兴盛，出现了康乾盛世，其盛世比漢朝隋朝唐朝加起來的盛世還長，超過了清朝國粹的一半，為當時世界上第一強國，到1820年时中国的经济总量占世界的三分之一。

然而到了19世纪初，清朝已经彻底衰败，在嘉慶年間先後爆發白蓮教、天理教的大規模起義。与此同时海上强国英国、荷兰与葡萄牙等纷纷开始强制与中国进行贸易。1787年英国开始向华输入鸦片，导致中国的国际贸易由顺差变为巨额逆差。清廷于1815年颁布搜查洋船鸦片章程，然而英国无视禁令依然走私大量鸦片，道光皇帝不得不于1838年派林则徐赴广州禁烟。1839年6月将237万多斤鸦片在虎门销毁，史称虎门销烟。英国政府因此于1840年6月发动鸦片战争，中国近代史开始。

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清朝末期（近代）
鸦片战争持续了一年多，1841年8月英军到达南京，清廷恐惧英军会进逼北京，于是求和，1842年8月29日，《南京条约》签署。香港岛被割让；上海、广州、厦门、福州和宁波开放作为通商口岸，还赔偿款银（西班牙银圆）2100万元。之后1844年美国与法国也与清廷分别签订了《望厦条约》和《黄埔条约》，中国主权遭受部分破坏。

与此同时中国国内反清复明的反抗斗争再度兴起。1851年至1864年间，受基督教影响的秀才洪秀全不仅创立“拜上帝会”，还领导了太平天国运动，曾经一度占领南方部分省份，并定都南京（改名“天京”），建立政教合一的中央政权。同时又有天地会、捻军、上海小刀会起义、陈开、李文茂起义、甘肃回民起义等。

同时英、美、法、俄、日等国多次侵入中国，中国多处领土被割让。1858年中俄签定《瑷珲条约》，俄国割去黑龙江以北、外兴安岭以南六十多万平方公里的中国领土。1860年中俄《北京条约》将乌苏里江以东，包括库页岛(萨哈林岛)、海参崴（符拉迪沃斯托克）约四十万平方公里的中国领土，划归俄国。1864年《中俄勘分西北界约记》将巴尔喀什湖以东、以南和斋桑卓尔南北四十四万多平方公里的中国领土，割给俄国。1881年中俄《伊犁条约》使中国失去了霍尔果斯河以西地区和北疆的斋桑卓尔以东地区约七万多平方公里领土。赔偿“兵费”增为九百万卢布。1860年，英法联军侵入北京，掠夺并烧毁皇家园林圆明园，并于1860年与清廷签定《北京条约》，各赔英法800万两白银等。1894年中日爆发甲午战争，中国惨败，次年签定《马关条约》，赔偿日本二亿两白银，中国割让台湾全岛及及所有附属各岛屿、澎湖列岛和辽东半岛给日本。1888年康有为、梁启超、严复、谭嗣同等改良派上书光绪皇帝要求变法遭拒。不过十年后1898年光绪皇帝在亲政后终于同意变法，从6月11日到9月21日的被称为百日维新的103天中进行了多项改革，但最终在慈禧太后发动政变后失败落幕，康有为、梁启超逃亡国外，谭嗣同、劉光第等六人被杀，史称“戊戌六君子”。

1899年义和拳运动爆发，后清政府改为义和团，以“扶清灭洋”为宗旨在慈禧太后支持下开始围攻外国驻北京使馆。于是，借“解救各国驻京使馆人员”的名义(实质是为了进行清廷不得不于1901年签订《辛丑条约》，赔款4.5亿两白银（本息合计9.8亿两）,同时从北京到山海关铁路沿线由各国派兵驻扎，开北京东交民巷为使馆区,国人不得入内等。

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20世紀至今
 
孙中山主條目：中華民國歷史、中華人民共和國史

1901年革命党开始兴起。孙中山等人在海外积极筹款，指挥国内的多次起义运动，经过十次失败的起义后，与革命党互不沟通的湖北新军在1911年的武昌起义获得成功，1912年元月，中华民国宣告成立。孙中山就任临时大总统。以清帝退位为条件，孙中山辞去总统位置，由袁世凯接任。但袁世凯妄图恢复帝制。此后孙中山发起護法運動与护国运动讨伐袁世凯。1916年，袁世凯在称帝83天之后死去，中華民国进入北洋军阀控制中央政府统治时期，地方政府分别由各个军阀派系占据。

孙中山之后多次试图联合南方地方军阀北伐北京中央政府未果。1921年，在共产国际的指导下中国共产党成立，並成为共产国际中国支部。1924年，孙中山提出新三民主义并确定联俄联共扶助农工的政策，国民党在共产国际帮助下改组，共产党员以个人身份加入国民党，国共两党进行第一次合作。孙中山自建立广州军政府(1923年改称大元帅府)以后，曾经三次进行北伐，均因条件不具备而未果。1925年春，孙中山病逝於北京。同年，广州国民政府为统一与巩固广东革命根据地，先后举行第一次东征第二次东征与南征，肃清广东境内的军阀势力和反革命武装，并将广东境内倾向革命的军队统一改编为国民革命军，下辖第1至第6军。不久又将广西部队改编为第7军。为北伐战争作了重要准备。1926年6月5日，国民党中央执行委员会正式通过国民革命军出师北伐案，并任命蒋介石为国民革命军总司令正式开始北伐。然而随着北伐和国民革命的深入，国民党不能容忍共产党激进的革命运动，国共两党分裂，大量共产党员及其支持者被清出国民党，有的被拘捕和杀害。1927年8月1日，以周恩来，叶挺为首的共产党员在江西南昌发动南昌起义，共产党从此有自己独立的军队（中华人民共和国成立后，8月1日被定为建军节）。并於江西瑞金建立了第一个红色苏维埃地方割据政权。此后南京国民政府先后对中央苏区进行五次围剿，红军粉碎了前四次围剿，在第五次反围剿中失败，不得不离开红区。1934年开始，红军进行战略转移，在贵州遵义确立了毛泽东对红军的领导和指挥权，四渡赤水河，终於摆脱了追击，途经江西，贵州，四川，甘肃，陕西，经过二万五千里长征，最后成功在陕西北部与陕北红军刘志丹部会师，建立陕甘宁革命根据地。

 
毛泽东在天安门城楼上宣布中华人民共和国的成立1931年9月18日日本开始侵华，占领了东北全境。1936年12月12日，西安事变后国共第二次合作抗日。1937年7月7日，抗日战争全面爆发。在日军进行南京大屠杀前夕，中华民国首都从南京迁至武汉，后来迁至重庆。1945年二战结束后，当时的中国国民政府从日本手里收回了台湾及澎湖列岛以及其他一些领土，但也在1946年与苏联签订的条约中承认了外蒙古的独立（1951年，迁往台湾的国民党国民政府以苏联未履约为由，不承认该条约及依据该条约而独立的外蒙古的独立地位）。1946年6月，国共两党又进行了内战。中国共产党最终於1949年获得决定性胜利，中华民国中央政府迁往光复后的台湾。中华人民共和国在北平成立，并将北平改名为北京，宣布中华人民共和国政府为包括台湾在内的全中国的唯一合法政府。与此同时，蒋介石宣布台北为中华民国临时首都，宣誓三年内反攻大陆。两岸分裂局面从此开始。（请参看台湾问题）