藥師佛具有開悟成佛者的各種相與隨形好。從他的外觀各方面看－頂有肉髻、腳心有法輪像等等，他與釋迦牟尼佛一模一樣，唯一的差別在於釋迦牟尼佛是金色身，而藥師佛是藍色身。因為藥師佛沈浸於三摩地中，專注於對一切事物真實本性的證悟，並因三摩地極為穩定，所以，它是以兩腿雙盤的金剛跏趺坐姿安坐著。

藥師佛周圍的八瓣蓮花花瓣上，除了正對藥師佛的那一瓣，其餘七瓣上坐著另外七位藥師佛，包括釋迦牟尼佛。正如主尊藥師佛一樣，他們皆各具莊嚴開悟者的三十二相及八十種隨形好。