从1960年下半年开始，平叛斗争转入了全面清剿阶段，到年底，全区残存的零星叛乱分子不过1000余名。至1961年底，西藏地区延续近3年的武装叛乱被彻底平息。　　在三年的平叛斗争中，人民解放军共歼灭叛匪93000余人，缴获各种枪支35500余支，各种炮70门，电台41部，击毙和俘获空降特务25名。
　　当西藏叛乱爆发之时，美国舆论界普遍认为，中国政府不投入20万军队就不能平息西藏的叛乱，而20万军队每天需要1万吨物资，西藏的交通条件极其恶劣，是绝对不可能完成如此规模的运输任务的，因此，平息西藏叛乱将会是一项不可能完成的任务。
　　然而，完全出乎美国人意料的是，人民解放军只用了几万人的兵力，在短短的三年时间，就取得了西藏平叛的完全胜利。
　　平叛斗争的正义性和党的政策的感召，也使许多被裹胁的参叛人员日益觉醒，使叛乱队伍发生了严重的分化。三年中，经过政治争取而投诚的参叛人员，占被解决的叛乱武装人数的42.8%，其中在平叛的最后一年里，投诚人员竟占被歼总数的70%以上。
　　在平息武装叛乱的同时，党中央和毛泽东决定立即在西藏实行民主改革。1959年7月17日，西藏自治区筹备委员会通过《关于进行民主改革的决议》，在西藏全区掀起了一场群众性民主改革运动，一举摧毁了封建农奴制度。