1958年4月20日，从康区蹿入拉萨的武装叛匪头目和藏军、三大寺反动分子代表秘密聚会，结为同盟，将所有反动武装力量约5000人统一于“四水六岗”组织之内。6月，康马叛乱分子恩珠·公布扎西在山南地区的竹古塘正式宣布成立“四水六岗卫教志愿军”（简称“卫教军”)，提出“西立”、“保卫宗教”、反对改革、反对等反动口号，并试图把山南建成永久性叛乱武装根据地。
　　1958年7月21日，卫教军正式打响了武装叛乱的第一枪。随后，他们在昌都、黑河、山南、林芝、江孜等地策动当地反动分子，袭击解放军驻地和车队，破坏交通干线，甚至长期进攻与围困我驻藏机关，给解放军造成不少损失。

　　例如，1958年9月，叛乱分子在尼木县麻江地区伏击西藏军区去日喀则执行体检任务的医护人员的汽车，杀害了车上的16名医护人员；10月，叛乱武装700余人向解放军驻守山南泽当的守备分队和机关多次发起攻击，围困达74天之久；12月，叛乱分子在山南贡嘎、札囊伏击解放军车队，使解放军牺牲93人，受伤35人，汽车被毁9辆；1959年1月，叛乱武装3000人围攻丁青县委及驻军，时间长达90天。


　　同时，叛乱分子所到之处烧杀抢掠，给老百姓造成了深重灾难。到1959年春，只有120万人口的西藏，叛乱武装已发展到23000多人，其中作为叛乱骨干力量的藏军，已由1951年的1400人，增加到3000多人。叛乱的阴云笼罩着西藏上空。

毛泽东为西藏平叛定了基调

　　西藏上层反动集团的活动早就引起了党中央、中央军委的高度重视。为了对付西藏可能出现的全局性叛乱，毛泽东密切注视着西藏反动分子的举动，及时作出各种指示和决策。
　　1959年1月22日，毛泽东指出：“在西藏地区，现在及今后几年内，是敌我双方争夺群众和锻炼武装能力的时间。几年之后，例如三四年，五六年，或者七八年之后，总要来一次总决战，才能彻底解决问题。西藏统治者原有兵力很弱，现在他们有了一支斗志较强的万人叛乱武装，这是我们的严重敌人。但这并没有什么不好，反而是一件好事，因为有可能最后用战争解决问题。”