进入到文革期间，中苏边界纠纷主要集中到东段边界乌苏里江主航道中心线靠中国一侧的两个小岛，即自古以来属于中国的珍宝岛和七里沁岛的归属问题上。大部分冲突都发生在这里。冲突多半是由苏方挑起的。
　　据苏联驻华外交官叶利扎维金回忆，1966－1967年仅苏联驻华使馆就不止一次地主张在这个地区“对中国人上岛给予回击”。一方宣称这些江心岛是自己的领土，坚持上岛，一方必欲将对方赶走，并想方设法“给予回击”，冲突的发生自然愈演愈烈。

　　最严重的一次冲突发生在1968年1月5日。那一次苏军出动装甲车冲撞上岛从事正常生产活动的中国边民，当场撞死、轧死中国边民4人，造成了中苏边界纠纷中第一起严重的流血事件。

　　此事之后，苏军行动收敛了一些。但1968年苏军入侵捷克斯洛伐克成功之后，特别是八届十二中全会结束，开始筹备九大之后，两国边界纠纷重又加剧起来。

　　1968年12月27日，苏军出动装甲车登上珍宝岛，拦截中国边防巡逻队，并以棍棒殴打中国边防巡逻人员。紧接着，1969年1月23日，双方再度在珍宝岛上发生斗殴，中方28人被打伤，部分武器被抢。

　　从2月6日到25日，双方在珍宝岛又连续发生了五起类似事件。7日，苏军人员甚至用冲锋枪向中国巡逻队方向发射了6个点射。