此时，满清军队在城外大肆烧杀抢掠，使得京郊的百姓大受其害，且崇祯身边的太监也多在京都置有田产，都深痛自己大破其财。想来想去，这怨愤就泼在了袁崇焕的身上，说清兵是袁崇焕引来的，是想要挟皇上与清人议和的。一时之间，这些舆论不知怎么就漫天而起，甚至大骂袁崇焕是“汉奸”，弄得人心惶惶，真假不分。竟有人站在北京城的城墙上往城下袁崇焕士兵的头上扔石头，一边扔一边骂“汉奸兵”，石头还把士兵砸死砸伤。崇祯知道了这一消息，疑心更大，恐慌起来。恰在这时，皇太极依照《三国演义》上的“群英会蒋干中计”一节，使起反间计来。就在这以前，清军捉到了两名明宫派在城外负责养马的太监，一个叫杨春，一个叫王成德。在撤回途中，皇太极派副将高鸿中，参将鲍承先、宁完成等人监守。这三人是归降满清的汉人。到了晚上，鲍承先与宁完成二人依照皇太极所授的密计，大声“耳语”道：“这次撤兵，并不是我们打了败仗，那是皇上的妙计，你看到吗?皇上单独骑了马逼近敌人。敌军中有两名军官过来参见皇上，商量了好久，那两个军官就回去了，皇上和袁崇焕已有密约，大事不久就可成功了。”两名太监正躺在旁边，把这些话听得十分清楚。第二天，姓杨的太监见敌人撤退时十分慌乱，便趁敌人的“疏忽”逃奔而归，并马上把这些话报告了崇祯。

崇祯听了这些话，以他多疑而又忮刻的性格，当然是马上相信了。他立刻召袁崇焕进宫，在宫中将其逮捕下狱。袁崇焕的部将祖大寿等人见状，惊慌莫名，只好出城等候。三天之后，圣旨到来，说袁崇焕以通敌谋反罪被捕，只问袁崇焕一人，余者不问。将士闻讯大哭，有的将士还破口大骂，顿足而号。如果此时有人倡议，说不定真会反了。

祖大寿当然极为悲愤，他即刻率军回锦州，途中遇见驰援的袁军主力，了解了北京的情况后，也当即掉头而回。祖大寿掉头而回，崇祯大为恐慌，他深怕清军再来攻城，连忙派人去让袁崇焕写信，召回祖大寿。这实在是一个奇怪的逻辑，既不肯正式下诏让袁崇焕写信，又派各部官吏前往劝说。袁崇焕先是不肯写，认为这种作法于情理不合，既不奉明诏，于狱中发书召兵回京，无异于私人行为，但崇祯无论如何不肯向袁崇焕认错。在群臣的劝说之下，袁崇焕“以国家为重”，写信召回祖大寿。祖大寿本把崇祯派的使者看作敌人，但有袁崇焕的亲笔信，他迟疑不决。这时，祖大寿的母亲说：“如果你不回军，只能加重袁督师的罪名，如果你回去攻下一些地方，打一些胜仗，或许能救袁督师出狱。”祖大寿听了母亲的话，率师返京，沿途攻陷了清军占领了两座城池，也就是断了清军的两条归路。