努尔哈赤死后，他的儿子皇太极继位，建立了清朝。皇太极是中国历史上少有的一位具有雄才大略的皇帝，他采取正确的战略，暂时放弃宁远，转而攻打朝鲜。就当时明清而言，双方都需要一段休战时间，以便实行各自的休养计划。明方需要筑城、练兵，清方则要进攻朝鲜，掠夺财富，巩固统治。在这样的局势下，袁崇焕提出与皇太极和谈，皇太极表示赞同，但明熹宗皇帝和许多大臣坚决反对，满清从来都是附庸国，皇太极不够谈判的资格。袁崇焕和皇太极商议和谈时，皇太极利用这个机会打败了朝鲜，袁崇焕也加紧修筑锦州中左、大小凌河等地的防御工事，并派出援朝军队，只因为朝鲜很快投降，明军也就退了回来，没有和清军发生冲突。

皇太极进攻朝鲜的战争取得了重大的胜利，财物得到了补充，局势也稳定下来，但他看到袁崇焕修城池，练兵马，势力越来越强大，如不加紧攻击，愈加难图，况且求和又不成，于是，皇太极决定“以战求和”。

明熹宗天启七年(公元1627年)，皇太极率大军攻打辽西的许多军事重镇，攻陷了大小凌河，随即又攻锦州。从五月十一日到六月四日，将领赵率教率领明军与皇太极展开激战。清军损失惨重，但还是没有将锦州攻下来。皇太极见攻锦州不成，就转攻宁远。袁崇焕严阵以待，成竹在胸，两军相接，激战两天，双方损失都很惨重，但皇太极还是没攻下宁远。皇太极再转攻锦州，但锦州城守坚固，清兵死伤枕藉，无法攻克。当时正值炎热季节，清军不少中暑得病，士气低落，皇太极不得不撤围回沈阳。

宁锦之役，明军取得了胜利，但作为主帅的袁崇焕并没因此而受重赏。只是升了一级官。其根本原因在于袁崇焕不是魏忠贤的同党，袁崇焕当年中进士的主考老师和推荐他做辽东防务的人都是东林党的首领，因而，虽有“宁远大捷”和“宁锦大捷”，袁崇焕还是讨不到魏忠贤的欢心。这时，魏忠贤见袁崇焕威势日增，便指使同党，攻击袁崇焕不去救锦州。袁崇焕只好辞职，回老家广东去了。这年八月，爱捉迷藏和做木工的熹宗皇帝驾崩，因无子嗣，由他的亲弟弟朱由检继位，改年号崇祯。崇祯帝当时才十七岁，他年纪虽小，却十分精明能干，与他哥哥大不相同，他不动声色地剪除了魏忠贤的“阉党”，然后逼得他自杀，巧妙而又干净地除掉了朝廷的一个毒瘤。魏忠贤死后，附和他的大臣或杀头或充军，被魏忠贤排挤的袁崇焕重新起用。