貝多芬一共為《費黛里奧》寫過四首序曲。頭兩次上演時用的序曲,便是今日大家所熟知的蕾奧諾拉第二及第三序曲。現在的費黛里奧序曲是1814年上演時的最後版本。曲中沒有使用太多劇中的旋律,但卻清楚傳達了本劇的基本精神。而蕾奧諾拉第一序曲,原本是為了在布拉格上演時使用的。由於未能順利演出,總譜遂流落到別人手中,直到貝多芬死後才重見天日。現在上演《費黛里奧》時,一般按馬勒(Gustav Mahler)和畢羅(Hans von Buelow) 的傳統,在開場前演奏費黛里奧序曲,而在幕間或終曲之前演出蕾奧諾拉第三序曲。
第一幕:監獄的庭院中
歌劇由亞基諾和瑪采莉娜的二重唱拉開序幕。亞基諾埋怨瑪采莉娜對他日漸冷淡,同時要求瑪采莉娜嫁給他。瑪采莉娜受不了亞基諾的糾纏,只好支吾其詞。等到亞基諾離去後,瑪采莉娜便唱出對亞基諾的歉意,並希望和費黛里奧結為夫妻。這時洛克和蕾奧諾拉同時來到庭院裏,在談話中,洛克暗示要把瑪采莉娜嫁給蕾奧諾拉。瑪采莉娜聽了大為興奮,亞基諾則差點氣瘋;蕾奧諾拉為此覺得十分為難,她不願欺騙瑪采莉娜的感情,但卻騎虎難下。四個不同心情的人,以相同的旋律,唱出卡農式的四重唱「不可思議的心情」(Mir ist so wunderbar)。如果歌手能夠確實掌握角色 情緒的話,此曲的效果將會非常突出。
典獄長皮查洛在一段簡短有力的進行曲中登場。洛克交給他一封急件,信中警告皮查洛,有人向首相唐‧費南多檢舉他的不法行為,因此首相將親自來調查。皮查洛看完信後,決定立刻把弗洛雷斯坦解決掉,以免事跡敗露。這時皮查洛所唱的詠歎調「啊!一瞬之間!」(Ha! Welch ein Augenblick!)配上合唱團的低吟及樂團的咆哮,充分表現出皮查洛的邪惡。這是一首非常具有震撼力的曲子。
這時,躲在後面偷聽的蕾奧諾拉,掩不住心中的氣憤,唱出了充滿怒火的宣敘調「禽獸!你急著往哪兒去?」(Abscheulicher! Wo eilst du hin? ),接著蕾奧諾拉回憶起她和弗洛雷斯坦從前的甜蜜生活,並祈求希望的到來,指引她順利救出她的丈夫。蕾奧諾拉深信,即使希望之光距她再遙遠,她都能憑愛情的力量到達目的地。來吧,希望!」(Komm,Hoffnung! ) 這首優美的詠歎調,和前面的宣敘調形成強烈的對比的是《費黛里奧》中最令人津津樂道的一段。
隨後洛克回來了。蕾奧諾拉要洛克把囚犯全都放出來,讓他們也享受一下溫暖的陽光;瑪采莉娜這時也在一旁助陣。洛克呆了半晌,才叫亞基諾和蕾奧諾拉把囚犯全放到庭院中。囚犯魚貫地走出牢房,在庭院中享受難得的恩典。他們為這份短暫的自由唱出心中的喜悅:「哦!如此的快樂!」( O welche Lust! )曲中道盡他們在暗無天日的獄中所嚐到的辛酸血淚。他們祈求上蒼賜給他們自由,也深信自由必將降臨。然而,在歌頌自由的同時,他們也害怕白色恐怖的迫害;一個囚犯提醒大家,當心四週可能會有皮查洛的耳目,要眾人小聲點。在這首政治犯們的合唱中,貝多芬宣示了對自由的熱愛,同時亳不留情地批判了獨裁政治下的恐怖統治。這是對黑暗政治下政治監獄的嚴厲控訴。