莫札特離開撒爾茲堡後,於1783年創作了他最著名的“ C 小調彌撒” (KV427),這曲彌撒因為沒有教堂儀式肯用,終於沒有完成,但光就其完成部份,便有人將之與巴哈“B 小調彌撒”、貝多芬“莊嚴彌撒”並列世界最偉大的三大彌撒曲。這首彌撒曲的kyrie,先以樂器出現沉重的主題動機後,樂器與人聲呈現二種不同的主題賦格,人聲也分四部賦格。人聲一開始就是急遽升高再急遽下降,給人十分戲劇性的激動感,而器樂主題重頭到尾循環反覆進行式,彷彿在陳述一個明知結局卻無法停止的抉擇,更襯托出人聲四部賦格“主我求你垂憐”的哀鳴。中間“基督請你憐憫我”歌詞部份,是獨唱清柔祈禱風,與合唱清柔祈禱風時而對話,時而互相附合。等祈禱風結束,就又回到器樂與人聲二部賦格。
C 小調彌撒的情感,已絕對不是歡快性質,也與他10歲那年創作的kyrie相距何其之遙! 但到了“信經”曲,三次輪迴的快版,把對上帝的信心表達的又是何其明確!因此這首彌撒曲很顯然已完全不是敷衍著主教的要求,而是個人的真實信仰告白了。他要說的不是偽善的宗教,而是能真真實實安慰他短暫又痛苦的塵世生命的信仰。這種告白,絕對不是要求規格與形式的薩爾茲堡所能接受。